 |
 |
|
||||||||||
 |
       |
||
 |
 |
|
multi-Harmony Resultsnew job |
Below you can analyse your multi-Harmony results using the table containing alignment positions and scores/weights. Click on the column headers to sort. Supply threshold values, operators (≤, > or "No" filtering) and press Enter/Return to select positions according to your criteria.
Jalview can be used to view the entire alignment, annotated with your sequence groups, the multi-Relief weights, and the 1 - Sequence-Harmony scores. In addition, the positions passing your filters can be added as additional annotation tracks to the alignment in Jalview.
If you have supplied a protein structure, you can also use Jmol to analyse these positions. Raw data from the analysis programs can be downloaded below.
For detailed information, see the documentation.
Color better than threshold:
Sequence Harmony multi-Relief Consensus strings Alignment PDB Score Z-score Weight + % - % Z-score 1(9) 2(5) 3(3) 4(8) 5(8) 1KHX_A x of 211 rows match filter(s) 1 -- 0.91 -2.40 0.20 50 0 1.60 Dt D ND D D 2 -- 0.32 -11.33 0.96 80 0 5.32 Vm V F La L 3 -- 0.63 -8.34 0.58 70 0 4.01 Qh Q R Qa Q 4 PRO265 0.80 -4.44 0.83 40 0 6.43 Ap P P P P 5 VAL266 1.00 nan 0.00 0 0 nan V V V V V 6 THR267 0.31 -10.85 0.92 80 0 5.13 An Ae C Tm T 7 TYR268 1.00 nan 0.00 0 0 nan Y Y Y Y Y 8 SER269 0.39 -9.64 0.73 90 0 4.78 Eq Eq E Sh C 9 GLU270 1.00 nan 0.00 0 0 nan E E E E E 10 PRO271 0.97 0.49 0.00 0 0 -0.44 P P P P Ps 11 ALA272 0.33 -11.25 0.80 80 0 4.66 K Ks LQ A A 12 PHE273 0.57 -7.99 0.98 60 0 5.17 Hy H H F F 13 TRP274 1.00 nan 0.00 0 0 nan W W W W W 14 CYS275 1.00 nan 0.00 0 0 nan C C C C C 15 SER276 1.00 nan 0.00 0 0 nan S S S S S 16 ILE277 0.69 -14.06 1.00 40 0 6.49 I I V I I 17 ALA278 0.38 -11.49 0.97 80 0 6.24 V V A As S 18 TYR279 1.00 nan 0.00 0 0 nan Y Y Y Y Y 19 TYR280 1.00 nan 0.00 0 0 nan Y Y Y Y Y 20 GLU281 1.00 nan 0.00 0 0 nan E E E E E 21 LEU282 1.00 nan 0.00 0 0 nan L L L L L 22 ASN283 1.00 nan 0.00 0 0 nan N N N N N 23 GLN284 0.57 -8.10 0.97 60 0 5.49 N N N Qt Q 24 ARG285 1.00 nan 0.00 0 0 nan R R R R R 25 VAL286 1.00 nan 0.00 0 0 nan V V V V V 26 GLY287 1.00 nan 0.00 0 0 nan G G G G G 27 GLU288 1.00 nan 0.00 0 0 nan E E E E E 28 THR289 0.58 -9.04 1.00 60 0 5.40 A A T T T 29 PHE290 0.96 -0.57 0.00 0 0 0.09 F Fy F F F 30 HIS291 0.65 -10.63 0.78 50 0 5.05 Hln H Q H H 31 ALA292 1.00 nan 0.00 0 0 nan A A A A A 32 SER293 1.00 nan 0.00 0 0 nan S S S S S 33 GLN294 0.62 -7.71 0.96 60 0 5.00 Sq S S Q Q 34 PRO295 0.33 -11.65 0.98 80 0 5.41 Tl T R P P 35 SER296 1.00 nan 0.00 0 0 nan S S S S S 36 LEU297 0.46 -7.55 0.70 80 20 4.98 IV V IV Li Ml 37 THR298 0.57 -7.99 0.98 60 0 5.17 Li L L T T 38 VAL299 0.71 -13.84 0.78 50 0 4.70 Vi V I V V 39 ASP300 1.00 nan 0.00 0 0 nan D D D D D 40 GLY301 1.00 nan 0.00 0 0 nan G G G G G 41 PHE302 1.00 nan 0.00 0 0 nan F F F F F 42 THR303 1.00 nan 0.00 0 0 nan T T T T T 43 ASP304 1.00 nan 0.00 0 0 nan D D D D D 44 PRO305 1.00 nan 0.00 0 0 nan P P P P P 45 SER306 0.96 -0.53 -0.20 0 40 -2.66 S Sa S S S 46 ASN307 1.00 nan 0.00 0 0 nan N N N N N 47 SER308 0.57 -7.18 0.97 60 0 5.27 N N N S Sa 48 -- 0.49 -8.34 0.71 80 10 4.75 Ksr K KR - - 49 GLU309 0.47 -8.95 0.76 80 0 5.16 Nd NS N E E 50 ARG310 1.00 nan 0.00 0 0 nan R R R R R 51 PHE311 0.97 0.34 -0.16 0 40 -1.98 F F F F Fl 52 CYS312 1.00 nan 0.00 0 0 nan C C C C C 53 LEU313 1.00 nan 0.00 0 0 nan L L L L L 54 GLY314 0.97 0.40 -0.16 0 40 -2.20 G G G Gc G 55 LEU315 1.00 nan 0.00 0 0 nan L L L L L 56 LEU316 1.00 nan 0.00 0 0 nan L L L L L 57 SER317 1.00 nan 0.00 0 0 nan S S S S S 58 ASN318 1.00 nan 0.00 0 0 nan N N N N N 59 VAL319 1.00 nan 0.00 0 0 nan V V V V V 60 ASN320 1.00 nan 0.00 0 0 nan N N N N N 61 ARG321 1.00 nan 0.00 0 0 nan R R R R R 62 ASN322 1.00 nan 0.00 0 0 nan N N N N N 63 ALA323 0.57 -8.10 0.97 60 0 5.49 S S S Ae A 64 THR324 0.67 -6.84 0.80 50 0 6.16 T T T Tv A 65 VAL325 0.58 -8.46 1.00 60 0 5.38 I I I V V 66 GLU326 1.00 nan 0.00 0 0 nan E E E E E 67 MET327 0.41 -10.89 0.96 70 0 7.19 N N N Mq L 68 THR328 1.00 nan 0.00 0 0 nan T T T T T 69 ARG329 1.00 nan 0.00 0 0 nan R R R R R 70 ARG330 1.00 nan 0.00 0 0 nan R R R R R 71 HIS331 1.00 nan 0.00 0 0 nan H H H H H 72 ILE332 1.00 nan 0.00 0 0 nan I I I I I 73 GLY333 1.00 nan 0.00 0 0 nan G G G G G 74 ARG334 0.64 -7.79 0.93 60 0 5.08 K K K Rk R 75 GLY335 1.00 nan 0.00 0 0 nan G G G G G 76 VAL336 1.00 nan 0.00 0 0 nan V V V V V 77 ARG337 0.58 -8.46 1.00 60 0 5.38 H H H R R 78 LEU338 1.00 nan 0.00 0 0 nan L L L L L 79 TYR339 1.00 nan 0.00 0 0 nan Y Y Y Y Y 80 TYR340 1.00 nan 0.00 0 0 nan Y Y Y Y Y 81 ILE341 0.58 -8.46 1.00 60 0 5.38 V V V I I 82 GLY342 1.00 nan 0.00 0 0 nan G G G G G 83 GLY343 1.00 nan 0.00 0 0 nan G G G G G 84 GLU344 1.00 nan 0.00 0 0 nan E E E E E 85 VAL345 1.00 nan 0.00 0 0 nan V V V V V 86 PHE346 0.58 -8.46 1.00 60 0 5.38 Y Y Y F F 87 ALA347 1.00 nan 0.00 0 0 nan A A A A A 88 GLU348 1.00 nan 0.00 0 0 nan E E E E E 89 CYS349 1.00 nan 0.00 0 0 nan C C C C C 90 LEU350 0.69 -14.06 1.00 40 0 6.49 L L V L L 91 SER351 1.00 nan 0.00 0 0 nan S S S S S 92 ASP352 1.00 nan 0.00 0 0 nan D D D D D 93 SER353 0.93 -0.00 -0.16 0 40 -2.12 S St S S Sn 94 ALA354 0.64 -7.79 0.93 60 0 5.08 S S S As A 95 ILE355 1.00 nan 0.00 0 0 nan I I I I I 96 PHE356 1.00 nan 0.00 0 0 nan F F F F F 97 VAL357 1.00 nan 0.00 0 0 nan V V V V V 98 GLN358 1.00 nan 0.00 0 0 nan Q Q Q Q Q 99 SER359 1.00 nan 0.00 0 0 nan S S S S S 100 PRO360 0.58 -8.46 1.00 60 0 5.38 R R R P P 101 ASN361 1.00 nan 0.00 0 0 nan N N N N N 102 CYS362 1.00 nan 0.00 0 0 nan C C C C C 103 ASN363 1.00 nan 0.00 0 0 nan N N N N N 104 GLN364 0.50 -8.10 0.72 80 10 5.03 Yf YF Y Q Q 105 ARG365 0.34 -12.07 1.00 80 0 5.57 H H Q R R 106 TYR366 0.58 -8.46 1.00 60 0 5.38 H H H Y Y 107 GLY367 0.95 0.65 -0.15 0 40 -2.30 Gn G G Gd G 108 TRP368 0.58 -8.46 1.00 60 0 5.38 F F F W W 109 HIS369 1.00 nan 0.00 0 0 nan H H H H H 110 PRO370 1.00 nan 0.00 0 0 nan P P P P P 111 ALA371 0.58 -9.04 1.00 60 0 5.40 T T A A A 112 THR372 1.00 nan 0.00 0 0 nan T T T T T 113 VAL373 1.00 nan 0.00 0 0 nan V V V V V 114 CYS374 1.00 nan 0.00 0 0 nan C C C C C 115 LYS375 1.00 nan 0.00 0 0 nan K K K K K 116 ILE376 1.00 nan 0.00 0 0 nan I I I I I 117 PRO377 1.00 nan 0.00 0 0 nan P P P P P 118 PRO378 0.62 -7.71 0.96 60 0 5.00 Sp S S P P 119 GLY379 0.83 -3.50 0.19 40 30 0.95 Gr GS G G G 120 CYS380 1.00 nan 0.00 0 0 nan C C C C C 121 ASN381 0.58 -8.46 1.00 60 0 5.38 S S S N N 122 LEU382 1.00 nan 0.00 0 0 nan L L L L L 123 LYS383 1.00 nan 0.00 0 0 nan K K K K K 124 ILE384 0.84 -9.35 0.42 40 0 3.58 I I IV I I 125 PHE385 1.00 nan 0.00 0 0 nan F F F F F 126 ASN386 0.98 0.51 0.01 10 0 0.15 Ns N N N N 127 ASN387 1.00 nan 0.00 0 0 nan N N N N N 128 GLN388 1.00 nan 0.00 0 0 nan Q Q Q Q Q 129 GLU389 0.69 -14.06 1.00 40 0 6.49 E E L E E 130 PHE390 1.00 nan 0.00 0 0 nan F F F F F 131 -- 0.93 -3.86 -0.17 0 40 -1.97 - - A- - - 132 -- 0.93 -3.86 -0.17 0 40 -1.97 - - Q- - - 133 -- 0.93 -3.86 -0.17 0 40 -1.97 - - L- - - 134 -- 0.93 -3.86 -0.17 0 40 -1.97 - - L- - - 135 ALA391 1.00 nan 0.00 0 0 nan A A A A A 136 ALA392 0.55 -7.75 0.96 60 0 4.93 Qeh Q Q A A 137 LEU393 0.93 -3.39 0.25 40 0 2.40 L L PL L L 138 LEU394 1.00 nan 0.00 0 0 nan L L L L L 139 ALA395 0.97 0.84 -0.06 0 10 -0.91 As A A As A 140 GLN396 0.98 0.51 0.01 10 0 0.15 Qr Q Q Q Q 141 SER397 0.98 0.51 0.01 10 0 0.15 St S S S S 142 VAL398 1.00 nan 0.00 0 0 nan V V V V V 143 ASN399 0.83 -4.46 0.39 40 0 2.92 Nh N NH Ns N 144 GLN400 0.58 -8.46 1.00 60 0 5.38 H H H Q Q 145 GLY401 1.00 nan 0.00 0 0 nan G G G G G 146 PHE402 1.00 nan 0.00 0 0 nan F F F F F 147 GLU403 1.00 nan 0.00 0 0 nan E E E E E 148 ALA404 0.51 -10.07 0.92 70 0 6.36 Ta A V A A 149 VAL405 1.00 nan 0.00 0 0 nan V V V V V 150 TYR406 1.00 nan 0.00 0 0 nan Y Y Y Y Y 151 GLN407 0.57 -7.18 0.97 60 0 5.27 E E E Q Qr 152 LEU408 1.00 nan 0.00 0 0 nan L L L L L 153 THR409 1.00 nan 0.00 0 0 nan T T T T T 154 ARG410 0.58 -8.46 1.00 60 0 5.38 K K K R R 155 MET411 1.00 nan 0.00 0 0 nan M M M M M 156 CYS412 1.00 nan 0.00 0 0 nan C C C C C 157 THR413 1.00 nan 0.00 0 0 nan T T T T T 158 ILE414 0.95 -0.23 -0.13 0 40 -2.76 Il I I I I 159 ARG415 1.00 nan 0.00 0 0 nan R R R R R 160 MET416 1.00 nan 0.00 0 0 nan M M M M M 161 SER417 1.00 nan 0.00 0 0 nan S S S S S 162 PHE418 1.00 nan 0.00 0 0 nan F F F F F 163 VAL419 1.00 nan 0.00 0 0 nan V V V V V 164 LYS420 1.00 nan 0.00 0 0 nan K K K K K 165 GLY421 1.00 nan 0.00 0 0 nan G G G G G 166 TRP422 1.00 nan 0.00 0 0 nan W W W W W 167 GLY423 1.00 nan 0.00 0 0 nan G G G G G 168 ALA424 1.00 nan 0.00 0 0 nan A A A A A 169 GLU425 0.98 0.56 -0.06 0 40 -0.93 Ek E E E E 170 TYR426 1.00 nan 0.00 0 0 nan Y Y Y Y Y 171 ARG427 0.58 -8.46 1.00 60 0 5.38 H H H R R 172 ARG428 1.00 nan 0.00 0 0 nan R R R R R 173 GLN429 1.00 nan 0.00 0 0 nan Q Q Q Q Q 174 THR430 0.58 -8.46 1.00 60 0 5.38 D D D T T 175 VAL431 1.00 nan 0.00 0 0 nan V V V V V 176 THR432 1.00 nan 0.00 0 0 nan T T T T T 177 SER433 1.00 nan 0.00 0 0 nan S S S S S 178 THR434 1.00 nan 0.00 0 0 nan T T T T T 179 PRO435 1.00 nan 0.00 0 0 nan P P P P P 180 CYS436 1.00 nan 0.00 0 0 nan C C C C C 181 TRP437 1.00 nan 0.00 0 0 nan W W W W W 182 ILE438 0.98 0.51 0.01 10 0 0.15 Iv I I I I 183 GLU439 1.00 nan 0.00 0 0 nan E E E E E 184 LEU440 0.55 -7.65 0.97 60 0 5.12 I Iv I L L 185 HIS441 1.00 nan 0.00 0 0 nan H H H H H 186 LEU442 1.00 nan 0.00 0 0 nan L L L L L 187 ASN443 0.62 -7.71 0.96 60 0 5.00 Hn H H N N 188 GLY444 1.00 nan 0.00 0 0 nan G G G G G 189 PRO445 1.00 nan 0.00 0 0 nan P P P P P 190 LEU446 1.00 nan 0.00 0 0 nan L L L L L 191 GLN447 1.00 nan 0.00 0 0 nan Q Q Q Q Q 192 TRP448 1.00 nan 0.00 0 0 nan W W W W W 193 LEU449 1.00 nan 0.00 0 0 nan L L L L L 194 ASP450 1.00 nan 0.00 0 0 nan D D D D D 195 LYS451 0.97 0.84 -0.06 0 10 -0.91 Kr K K Kr K 196 VAL452 1.00 nan 0.00 0 0 nan V V V V V 197 LEU453 1.00 nan 0.00 0 0 nan L L L L L 198 THR454 1.00 nan 0.00 0 0 nan T T T T T 199 GLN455 1.00 nan 0.00 0 0 nan Q Q Q Q Q 200 MET456 1.00 nan 0.00 0 0 nan M M M M M 201 GLY457 1.00 nan 0.00 0 0 nan G G G G G 202 SER458 0.98 0.51 0.01 10 0 0.15 St S S S S 203 PRO459 1.00 nan 0.00 0 0 nan P P P P P 204 SER460 0.33 -9.66 0.92 80 0 6.75 Hr L H Sr Sn 205 VAL461 0.43 -9.56 0.93 70 0 7.56 N N N Vl Il 206 ARG462 0.64 -7.79 0.93 60 0 5.08 P P P Rp R 207 CYS463 0.58 -8.46 1.00 60 0 5.38 I I I C C 208 SER464 1.00 nan 0.00 0 0 nan S S S S S 209 SEP465 1.00 nan 0.00 0 0 nan S S S S S 210 MET466 0.69 -8.86 1.00 40 0 8.73 V V V M V 211 SEP467 1.00 nan 0.00 0 0 nan S S S S S Download raw data
You can download the full output files of:
(c) IBIVU 2024. If you are experiencing problems with the site, please contact the webmaster.