 |
 |
|
||||||||||
 |
       |
||
 |
 |
|
SeRenDIP-CE Conformational Epitope prediction Resultsnew job |
In the table below you can see the SeRenDIP-CE Conformational Epitope prediction example P0DTC5 — Name: SARS-CoV-2 Membrane protein — UniProtKB: VME1_SARS2 . The table contains sequence position, prediction scores and classification based on the default cut-off of 0.5 (above is predicted interaction).
Download raw dataYou can download the output file and the full feature table.
Please cite:
- Qingzhen Hou1, Reza Haydarlou, Bas Stringer, Katharina Waury, Henriette Capel, Sanne Abeln, Jaap Heringa, K. Anton Feenstra SeRenDIP-CE: Sequence-based Interface Prediction for Conformational Epitopes Bioinformatics advance 11 May 2021, doi: 10.1093/bioinformatics/btab321 1Department of Biostatistics, School of Public Health & National institute of health data science of China; Shandong 250002, P. R. China
- Qingzhen Hou1, Paul De Geest, Christian Griffioen, Sanne Abeln, Jaap Heringa, K. Anton Feenstra. SeRenDIP: remastered alignment profiles for fast and accurate predictions of PPI interface positions. Bioinformatics 35, pp 4794–4796, 2019, doi: 10.1093/bioinformatics/btz428
13BIO-BioInfo – BioModeling, BioInformatics & BioProcesses, Université Libre de Bruxelles- Qingzhen Hou, Paul De Geest, Wim F. Vranken, Jaap Heringa and K. Anton Feenstra
Seeing the Trees through the Forest: Sequence-based Homo- and Heteromeric Protein-protein Interaction sites prediction using Random Forest. Bioinformatics, 2017, doi: 10.1093/bioinformatics/btx005
Color better than threshold:
Sequence Models Epitope Prediction Pos AA Model 1 Model 2 Model 3 Model 4 Model 5 Average Pred Std. Dev. Z-score x of 214 rows match filter(s) 5 N 0.554 0.508 0.608 0.576 0.578 0.565 I 0.0371 0.6953 6 G 0.634 0.522 0.606 0.606 0.606 0.595 I 0.0425 0.9117 7 T 0.552 0.522 0.594 0.566 0.530 0.553 I 0.0289 0.6088 8 I 0.590 0.542 0.534 0.588 0.570 0.565 I 0.0258 0.6953 9 T 0.580 0.570 0.502 0.544 0.534 0.546 I 0.0309 0.5597 10 V 0.542 0.460 0.458 0.532 0.548 0.508 I 0.0451 0.2856 11 E 0.522 0.548 0.504 0.638 0.556 0.554 I 0.0515 0.6145 12 E 0.588 0.554 0.518 0.608 0.566 0.567 I 0.0343 0.7098 13 L 0.490 0.428 0.434 0.518 0.516 0.477 NI 0.0436 0.0635 14 K 0.544 0.510 0.552 0.582 0.528 0.543 I 0.0270 0.5395 15 K 0.544 0.614 0.528 0.650 0.570 0.581 I 0.0504 0.8136 16 L 0.540 0.548 0.498 0.562 0.534 0.536 I 0.0239 0.4905 17 L 0.524 0.452 0.458 0.530 0.514 0.496 NI 0.0376 0.1962 18 E 0.512 0.564 0.554 0.520 0.538 0.538 I 0.0220 0.4991 19 Q 0.542 0.554 0.520 0.574 0.544 0.547 I 0.0196 0.5655 20 W 0.520 0.486 0.472 0.494 0.490 0.492 NI 0.0175 0.1731 21 N 0.506 0.504 0.426 0.554 0.542 0.506 I 0.0500 0.2741 22 L 0.506 0.452 0.458 0.484 0.534 0.487 NI 0.0341 0.1327 23 V 0.448 0.488 0.440 0.450 0.526 0.470 NI 0.0362 0.0144 24 I 0.398 0.440 0.394 0.434 0.472 0.428 NI 0.0323 -0.2943 25 G 0.302 0.410 0.378 0.416 0.468 0.395 NI 0.0611 -0.5309 26 F 0.314 0.442 0.416 0.424 0.444 0.408 NI 0.0539 -0.4357 27 L 0.348 0.378 0.384 0.434 0.376 0.384 NI 0.0312 -0.6088 28 F 0.312 0.368 0.372 0.398 0.356 0.361 NI 0.0315 -0.7733 29 L 0.282 0.294 0.278 0.380 0.262 0.299 NI 0.0466 -1.2205 30 T 0.256 0.258 0.220 0.344 0.208 0.257 NI 0.0532 -1.5234 31 W 0.242 0.276 0.178 0.326 0.204 0.245 NI 0.0585 -1.6100 32 I 0.208 0.294 0.198 0.268 0.256 0.245 NI 0.0407 -1.6129 33 C 0.210 0.278 0.210 0.274 0.266 0.248 NI 0.0346 -1.5927 34 L 0.250 0.368 0.226 0.348 0.270 0.292 NI 0.0623 -1.2695 35 L 0.292 0.340 0.276 0.366 0.300 0.315 NI 0.0371 -1.1080 36 Q 0.414 0.478 0.394 0.432 0.466 0.437 NI 0.0351 -0.2279 37 F 0.466 0.554 0.426 0.462 0.526 0.487 NI 0.0520 0.1327 38 A 0.456 0.538 0.414 0.452 0.514 0.475 NI 0.0503 0.0462 39 Y 0.518 0.582 0.404 0.510 0.582 0.519 I 0.0729 0.3664 40 A 0.492 0.574 0.414 0.558 0.566 0.521 I 0.0680 0.3780 41 N 0.550 0.628 0.408 0.580 0.610 0.555 I 0.0875 0.6261 42 R 0.486 0.600 0.410 0.504 0.544 0.509 I 0.0705 0.2914 43 N 0.368 0.478 0.344 0.404 0.448 0.408 NI 0.0553 -0.4328 44 R 0.422 0.534 0.358 0.462 0.466 0.448 NI 0.0646 -0.1443 45 F 0.342 0.396 0.274 0.410 0.366 0.358 NI 0.0537 -0.7992 46 L 0.272 0.340 0.194 0.364 0.356 0.305 NI 0.0720 -1.1772 47 Y 0.292 0.278 0.220 0.340 0.378 0.302 NI 0.0605 -1.2032 48 I 0.202 0.264 0.172 0.280 0.282 0.240 NI 0.0500 -1.6475 49 I 0.220 0.280 0.162 0.288 0.268 0.244 NI 0.0527 -1.6215 50 K 0.282 0.386 0.286 0.338 0.344 0.327 NI 0.0436 -1.0185 51 L 0.216 0.360 0.190 0.318 0.272 0.271 NI 0.0702 -1.4224 52 I 0.172 0.314 0.182 0.288 0.252 0.242 NI 0.0630 -1.6360 53 F 0.244 0.320 0.222 0.266 0.288 0.268 NI 0.0381 -1.4455 54 L 0.228 0.314 0.206 0.312 0.256 0.263 NI 0.0488 -1.4802 55 W 0.242 0.360 0.250 0.320 0.326 0.300 NI 0.0513 -1.2176 56 L 0.222 0.338 0.208 0.280 0.266 0.263 NI 0.0515 -1.4830 57 L 0.290 0.364 0.256 0.274 0.326 0.302 NI 0.0432 -1.2003 58 W 0.268 0.360 0.206 0.250 0.348 0.286 NI 0.0658 -1.3128 59 P 0.220 0.296 0.194 0.280 0.272 0.252 NI 0.0433 -1.5581 60 V 0.194 0.278 0.154 0.252 0.258 0.227 NI 0.0515 -1.7398 61 T 0.188 0.282 0.164 0.258 0.316 0.242 NI 0.0639 -1.6360 62 L 0.242 0.260 0.156 0.272 0.310 0.248 NI 0.0571 -1.5898 63 A 0.198 0.256 0.190 0.232 0.280 0.231 NI 0.0381 -1.7110 64 C 0.222 0.288 0.170 0.264 0.288 0.246 NI 0.0505 -1.6013 65 F 0.234 0.392 0.196 0.320 0.308 0.290 NI 0.0768 -1.2868 66 V 0.296 0.458 0.292 0.404 0.362 0.362 NI 0.0711 -0.7646 67 L 0.324 0.464 0.354 0.438 0.418 0.400 NI 0.0586 -0.4963 68 A 0.482 0.508 0.416 0.540 0.504 0.490 NI 0.0463 0.1558 69 A 0.448 0.528 0.424 0.510 0.524 0.487 NI 0.0476 0.1327 70 V 0.602 0.616 0.458 0.582 0.538 0.559 I 0.0638 0.6549 71 Y 0.548 0.600 0.476 0.598 0.608 0.566 I 0.0556 0.7040 72 R 0.658 0.664 0.482 0.668 0.656 0.626 I 0.0804 1.1339 73 I 0.652 0.654 0.506 0.676 0.670 0.632 I 0.0710 1.1772 74 N 0.634 0.662 0.512 0.686 0.676 0.634 I 0.0710 1.1945 75 W 0.630 0.618 0.454 0.666 0.584 0.590 I 0.0817 0.8800 76 I 0.584 0.552 0.432 0.592 0.588 0.550 I 0.0676 0.5857 77 T 0.516 0.520 0.356 0.480 0.502 0.475 NI 0.0682 0.0462 78 G 0.428 0.422 0.290 0.392 0.434 0.393 NI 0.0599 -0.5424 79 G 0.226 0.272 0.186 0.316 0.370 0.274 NI 0.0725 -1.4023 80 I 0.202 0.228 0.164 0.272 0.322 0.238 NI 0.0614 -1.6648 81 A 0.182 0.232 0.190 0.254 0.332 0.238 NI 0.0603 -1.6619 82 I 0.226 0.188 0.248 0.290 0.318 0.254 NI 0.0514 -1.5465 83 A 0.202 0.194 0.198 0.244 0.288 0.225 NI 0.0405 -1.7543 84 M 0.262 0.158 0.156 0.246 0.230 0.210 NI 0.0500 -1.8610 85 A 0.248 0.170 0.172 0.258 0.192 0.208 NI 0.0421 -1.8783 86 C 0.204 0.166 0.124 0.240 0.148 0.176 NI 0.0460 -2.1063 87 L 0.138 0.132 0.118 0.192 0.158 0.148 NI 0.0287 -2.3140 88 V 0.150 0.158 0.108 0.202 0.170 0.158 NI 0.0341 -2.2419 89 G 0.124 0.152 0.090 0.160 0.138 0.133 NI 0.0276 -2.4208 90 L 0.166 0.180 0.162 0.238 0.280 0.205 NI 0.0517 -1.8985 91 M 0.204 0.258 0.238 0.308 0.364 0.274 NI 0.0627 -1.3994 92 W 0.234 0.348 0.348 0.352 0.456 0.348 NI 0.0785 -0.8714 93 L 0.280 0.304 0.352 0.350 0.296 0.316 NI 0.0328 -1.0964 94 S 0.282 0.276 0.310 0.356 0.338 0.312 NI 0.0347 -1.1253 95 Y 0.308 0.378 0.302 0.416 0.348 0.350 NI 0.0480 -0.8512 96 F 0.214 0.320 0.230 0.336 0.264 0.273 NI 0.0538 -1.4109 97 I 0.186 0.296 0.260 0.308 0.310 0.272 NI 0.0521 -1.4167 98 A 0.324 0.456 0.326 0.444 0.424 0.395 NI 0.0647 -0.5309 99 S 0.290 0.388 0.240 0.358 0.346 0.324 NI 0.0590 -1.0387 100 F 0.214 0.310 0.236 0.320 0.330 0.282 NI 0.0531 -1.3445 101 R 0.402 0.458 0.438 0.476 0.482 0.451 NI 0.0324 -0.1241 102 L 0.346 0.436 0.306 0.372 0.316 0.355 NI 0.0521 -0.8165 103 F 0.326 0.386 0.414 0.422 0.432 0.396 NI 0.0427 -0.5222 104 A 0.498 0.548 0.486 0.498 0.506 0.507 I 0.0239 0.2799 105 R 0.548 0.548 0.502 0.516 0.540 0.531 I 0.0208 0.4501 106 T 0.444 0.468 0.480 0.442 0.478 0.462 NI 0.0183 -0.0433 107 R 0.578 0.562 0.550 0.564 0.590 0.569 I 0.0155 0.7242 108 S 0.476 0.506 0.520 0.482 0.508 0.498 NI 0.0186 0.2164 109 M 0.428 0.402 0.446 0.416 0.492 0.437 NI 0.0348 -0.2279 110 W 0.502 0.430 0.530 0.448 0.452 0.472 NI 0.0418 0.0288 111 S 0.558 0.474 0.450 0.526 0.512 0.504 I 0.0427 0.2568 112 F 0.474 0.412 0.450 0.434 0.460 0.446 NI 0.0240 -0.1616 113 N 0.590 0.608 0.570 0.564 0.578 0.582 I 0.0175 0.8194 114 P 0.554 0.630 0.540 0.556 0.512 0.558 I 0.0437 0.6492 115 E 0.508 0.644 0.592 0.642 0.570 0.591 I 0.0564 0.8858 116 T 0.548 0.632 0.560 0.580 0.454 0.555 I 0.0649 0.6232 117 N 0.548 0.660 0.522 0.602 0.568 0.580 I 0.0534 0.8050 118 I 0.496 0.484 0.384 0.494 0.472 0.466 NI 0.0468 -0.0173 119 L 0.436 0.446 0.368 0.434 0.434 0.424 NI 0.0315 -0.3232 120 L 0.344 0.342 0.296 0.302 0.290 0.315 NI 0.0261 -1.1080 121 N 0.542 0.496 0.450 0.586 0.532 0.521 I 0.0511 0.3808 122 V 0.344 0.312 0.276 0.410 0.370 0.342 NI 0.0516 -0.9089 123 P 0.584 0.578 0.570 0.666 0.568 0.593 I 0.0412 0.9002 124 L 0.468 0.396 0.420 0.474 0.420 0.436 NI 0.0338 -0.2366 125 H 0.494 0.622 0.532 0.616 0.544 0.562 I 0.0556 0.6723 126 G 0.530 0.548 0.514 0.574 0.556 0.544 I 0.0232 0.5482 127 T 0.546 0.652 0.466 0.602 0.638 0.581 I 0.0761 0.8107 128 I 0.536 0.642 0.560 0.636 0.610 0.597 I 0.0469 0.9262 129 L 0.454 0.432 0.380 0.470 0.502 0.448 NI 0.0456 -0.1500 130 T 0.496 0.508 0.466 0.514 0.518 0.500 I 0.0209 0.2308 131 R 0.606 0.550 0.516 0.592 0.592 0.571 I 0.0373 0.7415 132 P 0.538 0.482 0.512 0.528 0.576 0.527 I 0.0345 0.4241 133 L 0.558 0.474 0.476 0.440 0.532 0.496 NI 0.0479 0.1991 134 L 0.570 0.730 0.588 0.708 0.664 0.652 I 0.0710 1.3243 135 E 0.584 0.756 0.600 0.678 0.670 0.658 I 0.0689 1.3647 136 S 0.558 0.708 0.568 0.636 0.538 0.602 I 0.0700 0.9608 137 E 0.576 0.644 0.576 0.620 0.552 0.594 I 0.0374 0.9031 138 L 0.568 0.712 0.632 0.624 0.606 0.628 I 0.0528 1.1541 139 V 0.500 0.562 0.498 0.528 0.574 0.532 I 0.0349 0.4616 140 I 0.434 0.470 0.402 0.438 0.432 0.435 NI 0.0241 -0.2395 141 G 0.460 0.492 0.360 0.468 0.480 0.452 NI 0.0528 -0.1183 142 A 0.366 0.430 0.296 0.382 0.348 0.364 NI 0.0489 -0.7502 143 V 0.388 0.296 0.270 0.380 0.312 0.329 NI 0.0523 -1.0041 144 I 0.450 0.346 0.380 0.418 0.326 0.384 NI 0.0508 -0.6088 145 L 0.574 0.512 0.492 0.526 0.494 0.520 I 0.0334 0.3693 146 R 0.616 0.580 0.486 0.590 0.602 0.575 I 0.0514 0.7675 147 G 0.460 0.466 0.380 0.478 0.486 0.454 NI 0.0426 -0.1039 148 H 0.582 0.604 0.514 0.594 0.614 0.582 I 0.0396 0.8165 149 L 0.462 0.476 0.308 0.456 0.484 0.437 NI 0.0731 -0.2251 150 R 0.594 0.578 0.594 0.626 0.648 0.608 I 0.0284 1.0069 151 I 0.388 0.398 0.402 0.450 0.422 0.412 NI 0.0246 -0.4068 152 A 0.644 0.616 0.588 0.648 0.640 0.627 I 0.0252 1.1454 153 G 0.500 0.586 0.514 0.570 0.528 0.540 I 0.0369 0.5136 154 H 0.608 0.624 0.564 0.650 0.588 0.607 I 0.0330 0.9983 155 H 0.620 0.620 0.580 0.674 0.550 0.609 I 0.0469 1.0127 156 L 0.488 0.470 0.560 0.562 0.508 0.518 I 0.0418 0.3549 157 G 0.488 0.472 0.532 0.534 0.538 0.513 I 0.0305 0.3203 158 R 0.512 0.642 0.536 0.660 0.546 0.579 I 0.0670 0.7992 159 C 0.536 0.516 0.520 0.536 0.554 0.532 I 0.0151 0.4616 160 D 0.534 0.618 0.580 0.546 0.558 0.567 I 0.0331 0.7126 161 I 0.524 0.586 0.602 0.498 0.532 0.548 I 0.0438 0.5770 162 K 0.508 0.616 0.590 0.616 0.614 0.589 I 0.0465 0.8685 163 D 0.506 0.540 0.610 0.524 0.606 0.557 I 0.0479 0.6405 164 L 0.492 0.534 0.444 0.496 0.520 0.497 NI 0.0344 0.2077 165 P 0.454 0.482 0.472 0.494 0.514 0.483 NI 0.0226 0.1067 166 K 0.564 0.608 0.514 0.562 0.520 0.554 I 0.0382 0.6145 167 E 0.530 0.470 0.500 0.548 0.538 0.517 I 0.0319 0.3520 168 I 0.364 0.338 0.332 0.396 0.374 0.361 NI 0.0263 -0.7762 169 T 0.500 0.468 0.414 0.498 0.458 0.468 NI 0.0351 -0.0058 170 V 0.426 0.442 0.344 0.416 0.430 0.412 NI 0.0389 -0.4097 171 A 0.406 0.372 0.378 0.438 0.412 0.401 NI 0.0269 -0.4847 172 T 0.608 0.608 0.592 0.582 0.544 0.587 I 0.0264 0.8540 173 S 0.594 0.554 0.562 0.570 0.524 0.561 I 0.0254 0.6665 174 R 0.590 0.682 0.602 0.638 0.594 0.621 I 0.0389 1.1022 175 T 0.636 0.636 0.618 0.646 0.558 0.619 I 0.0355 1.0848 176 L 0.602 0.618 0.602 0.620 0.624 0.613 I 0.0104 1.0445 177 S 0.526 0.514 0.448 0.496 0.484 0.494 NI 0.0302 0.1818 178 Y 0.518 0.560 0.498 0.560 0.490 0.525 I 0.0334 0.4097 179 Y 0.554 0.540 0.504 0.550 0.426 0.515 I 0.0534 0.3347 180 K 0.652 0.628 0.644 0.658 0.568 0.630 I 0.0364 1.1656 181 L 0.678 0.592 0.646 0.570 0.560 0.609 I 0.0508 1.0156 182 G 0.670 0.648 0.628 0.644 0.566 0.631 I 0.0394 1.1743 183 A 0.642 0.656 0.642 0.672 0.596 0.642 I 0.0283 1.2493 184 S 0.590 0.690 0.650 0.604 0.588 0.624 I 0.0444 1.1252 185 Q 0.590 0.688 0.622 0.644 0.618 0.632 I 0.0365 1.1829 186 R 0.660 0.732 0.684 0.686 0.696 0.692 I 0.0262 1.6100 187 V 0.618 0.620 0.688 0.642 0.670 0.648 I 0.0308 1.2926 188 A 0.688 0.636 0.694 0.684 0.728 0.686 I 0.0329 1.5696 189 G 0.684 0.672 0.694 0.674 0.718 0.688 I 0.0187 1.5869 190 D 0.668 0.668 0.650 0.614 0.658 0.652 I 0.0223 1.3214 191 S 0.642 0.620 0.604 0.674 0.614 0.631 I 0.0279 1.1714 192 G 0.558 0.518 0.490 0.574 0.514 0.531 I 0.0343 0.4501 193 F 0.524 0.486 0.460 0.512 0.506 0.498 NI 0.0251 0.2106 194 A 0.382 0.364 0.428 0.466 0.440 0.416 NI 0.0421 -0.3780 195 A 0.342 0.340 0.428 0.434 0.406 0.390 NI 0.0459 -0.5655 196 Y 0.422 0.390 0.396 0.446 0.436 0.418 NI 0.0245 -0.3636 197 S 0.534 0.448 0.426 0.534 0.398 0.468 NI 0.0628 -0.0029 198 R 0.622 0.536 0.560 0.634 0.586 0.588 I 0.0411 0.8598 199 Y 0.652 0.578 0.568 0.628 0.642 0.614 I 0.0382 1.0473 200 R 0.712 0.624 0.676 0.722 0.646 0.676 I 0.0419 1.4974 201 I 0.662 0.642 0.712 0.672 0.648 0.667 I 0.0277 1.4340 202 G 0.654 0.658 0.626 0.632 0.654 0.645 I 0.0147 1.2724 203 N 0.712 0.680 0.666 0.716 0.688 0.692 I 0.0213 1.6157 204 Y 0.630 0.616 0.642 0.652 0.684 0.645 I 0.0257 1.2724 205 K 0.730 0.786 0.706 0.686 0.698 0.721 I 0.0396 1.8235 206 L 0.650 0.634 0.606 0.644 0.668 0.640 I 0.0229 1.2407 207 N 0.664 0.678 0.690 0.670 0.662 0.673 I 0.0115 1.4744 208 T 0.690 0.640 0.674 0.592 0.654 0.650 I 0.0376 1.3099 209 D 0.712 0.606 0.566 0.638 0.586 0.622 I 0.0571 1.1050 210 H 0.710 0.576 0.604 0.622 0.624 0.627 I 0.0501 1.1454 211 S 0.652 0.550 0.594 0.596 0.624 0.603 I 0.0380 0.9723 212 S 0.624 0.544 0.618 0.550 0.576 0.582 I 0.0373 0.8223 213 S 0.626 0.520 0.538 0.500 0.538 0.544 I 0.0482 0.5482 214 S 0.578 0.462 0.498 0.516 0.570 0.525 I 0.0490 0.4068 215 D 0.548 0.468 0.488 0.482 0.522 0.502 I 0.0327 0.2395 216 N 0.538 0.454 0.484 0.502 0.494 0.494 NI 0.0304 0.1875 217 I 0.488 0.454 0.458 0.498 0.520 0.484 NI 0.0278 0.1096 218 A 0.510 0.444 0.440 0.476 0.452 0.464 NI 0.0291 -0.0289
(c) IBIVU 2026. If you are experiencing problems with the site, please contact the webmaster.