This is map_ref_pdb_ali.py 0.2b Found 33 sequences Found 1 chains with [203] residues Aligning A distances: [5] Best alignment with A at 5 Best aligned sequence: gi|2967646|gb|AAC39657.1|/1-467 out of 34 >gi|2967646|gb|AAC39657.1|/1-467 DLQPVTYSEPAFWCSIAYYELNQRVGETFHASQPSLTVDGFTDPSNS-ERFCLGLLSNVNRNATVEMTRRHIGRGVRLYYIGGEVFAECLSDSAIFVQSPNCNQRYGWHPATVCKIPPGCNLKIFNNQEF----AALLAQSVNQGFEAVYQLTRMCTIRMSFVKGWGAEYRRQTVTSTPCWIELHLNGPLQWLDKVLTQMGSPSVRCSSMS >1khx.pdb_A ---PVTYSEPAFWCSIAYYELNQRVGETFHASQPSLTVDGFTDPSNS-ERFCLGLLSNVNRNATVEMTRRHIGRGVRLYYIGGEVFAECLSDSAIFVQSPNCNQRYGWHPATVCKIPPGCNLKIFNNQEF----AALLAQSVNQGFEAVYQLTRMCTIRMSFVKGWGAEYRRQTVTSTPCWIELHLNGPLQWLDKVLTQMGSPSVRCSXMX Reference: gi|7160686|emb|CAB76819.1|/1-465 (0) ali_pos ref_res_name ref_res_nr pdb_res_pos pdb_res_name pdb_res_name_number 1 D 1 -- -- -- 2 V 2 -- -- -- 3 Q 3 -- -- -- 4 A 4 1 P PRO265 5 V 5 2 V VAL266 6 A 6 3 T THR267 7 Y 7 4 Y TYR268 8 E 8 5 S SER269 9 E 9 6 E GLU270 10 P 10 7 P PRO271 11 K 11 8 A ALA272 12 H 12 9 F PHE273 13 W 13 10 W TRP274 14 C 14 11 C CYS275 15 S 15 12 S SER276 16 I 16 13 I ILE277 17 V 17 14 A ALA278 18 Y 18 15 Y TYR279 19 Y 19 16 Y TYR280 20 E 20 17 E GLU281 21 L 21 18 L LEU282 22 N 22 19 N ASN283 23 N 23 20 Q GLN284 24 R 24 21 R ARG285 25 V 25 22 V VAL286 26 G 26 23 G GLY287 27 E 27 24 E GLU288 28 A 28 25 T THR289 29 F 29 26 F PHE290 30 H 30 27 H HIS291 31 A 31 28 A ALA292 32 S 32 29 S SER293 33 S 33 30 Q GLN294 34 T 34 31 P PRO295 35 S 35 32 S SER296 36 I 36 33 L LEU297 37 L 37 34 T THR298 38 V 38 35 V VAL299 39 D 39 36 D ASP300 40 G 40 37 G GLY301 41 F 41 38 F PHE302 42 T 42 39 T THR303 43 D 43 40 D ASP304 44 P 44 41 P PRO305 45 S 45 42 S SER306 46 N 46 43 N ASN307 47 N 47 44 S SER308 48 K 48 -- -- -- 49 N 49 45 E GLU309 50 R 50 46 R ARG310 51 F 51 47 F PHE311 52 C 52 48 C CYS312 53 L 53 49 L LEU313 54 G 54 50 G GLY314 55 L 55 51 L LEU315 56 L 56 52 L LEU316 57 S 57 53 S SER317 58 N 58 54 N ASN318 59 V 59 55 V VAL319 60 N 60 56 N ASN320 61 R 61 57 R ARG321 62 N 62 58 N ASN322 63 S 63 59 A ALA323 64 T 64 60 T THR324 65 I 65 61 V VAL325 66 E 66 62 E GLU326 67 N 67 63 M MET327 68 T 68 64 T THR328 69 R 69 65 R ARG329 70 R 70 66 R ARG330 71 H 71 67 H HIS331 72 I 72 68 I ILE332 73 G 73 69 G GLY333 74 K 74 70 R ARG334 75 G 75 71 G GLY335 76 V 76 72 V VAL336 77 H 77 73 R ARG337 78 L 78 74 L LEU338 79 Y 79 75 Y TYR339 80 Y 80 76 Y TYR340 81 V 81 77 I ILE341 82 G 82 78 G GLY342 83 G 83 79 G GLY343 84 E 84 80 E GLU344 85 V 85 81 V VAL345 86 Y 86 82 F PHE346 87 A 87 83 A ALA347 88 E 88 84 E GLU348 89 C 89 85 C CYS349 90 L 90 86 L LEU350 91 S 91 87 S SER351 92 D 92 88 D ASP352 93 S 93 89 S SER353 94 S 94 90 A ALA354 95 I 95 91 I ILE355 96 F 96 92 F PHE356 97 V 97 93 V VAL357 98 Q 98 94 Q GLN358 99 S 99 95 S SER359 100 R 100 96 P PRO360 101 N 101 97 N ASN361 102 C 102 98 C CYS362 103 N 103 99 N ASN363 104 Y 104 100 Q GLN364 105 H 105 101 R ARG365 106 H 106 102 Y TYR366 107 G 107 103 G GLY367 108 F 108 104 W TRP368 109 H 109 105 H HIS369 110 P 110 106 P PRO370 111 T 111 107 A ALA371 112 T 112 108 T THR372 113 V 113 109 V VAL373 114 C 114 110 C CYS374 115 K 115 111 K LYS375 116 I 116 112 I ILE376 117 P 117 113 P PRO377 118 S 118 114 P PRO378 119 G 119 115 G GLY379 120 C 120 116 C CYS380 121 S 121 117 N ASN381 122 L 122 118 L LEU382 123 K 123 119 K LYS383 124 I 124 120 I ILE384 125 F 125 121 F PHE385 126 N 126 122 N ASN386 127 N 127 123 N ASN387 128 Q 128 124 Q GLN388 129 E 129 125 E GLU389 130 F 130 126 F PHE390 131 - - -- -- -- 132 - - -- -- -- 133 - - -- -- -- 134 - - -- -- -- 135 A 131 127 A ALA391 136 Q 132 128 A ALA392 137 L 133 129 L LEU393 138 L 134 130 L LEU394 139 A 135 131 A ALA395 140 Q 136 132 Q GLN396 141 S 137 133 S SER397 142 V 138 134 V VAL398 143 N 139 135 N ASN399 144 H 140 136 Q GLN400 145 G 141 137 G GLY401 146 F 142 138 F PHE402 147 E 143 139 E GLU403 148 T 144 140 A ALA404 149 V 145 141 V VAL405 150 Y 146 142 Y TYR406 151 E 147 143 Q GLN407 152 L 148 144 L LEU408 153 T 149 145 T THR409 154 K 150 146 R ARG410 155 M 151 147 M MET411 156 C 152 148 C CYS412 157 T 153 149 T THR413 158 L 154 150 I ILE414 159 R 155 151 R ARG415 160 M 156 152 M MET416 161 S 157 153 S SER417 162 F 158 154 F PHE418 163 V 159 155 V VAL419 164 K 160 156 K LYS420 165 G 161 157 G GLY421 166 W 162 158 W TRP422 167 G 163 159 G GLY423 168 A 164 160 A ALA424 169 E 165 161 E GLU425 170 Y 166 162 Y TYR426 171 H 167 163 R ARG427 172 R 168 164 R ARG428 173 Q 169 165 Q GLN429 174 D 170 166 T THR430 175 V 171 167 V VAL431 176 T 172 168 T THR432 177 S 173 169 S SER433 178 T 174 170 T THR434 179 P 175 171 P PRO435 180 C 176 172 C CYS436 181 W 177 173 W TRP437 182 I 178 174 I ILE438 183 E 179 175 E GLU439 184 I 180 176 L LEU440 185 H 181 177 H HIS441 186 L 182 178 L LEU442 187 H 183 179 N ASN443 188 G 184 180 G GLY444 189 P 185 181 P PRO445 190 L 186 182 L LEU446 191 Q 187 183 Q GLN447 192 W 188 184 W TRP448 193 L 189 185 L LEU449 194 D 190 186 D ASP450 195 K 191 187 K LYS451 196 V 192 188 V VAL452 197 L 193 189 L LEU453 198 T 194 190 T THR454 199 Q 195 191 Q GLN455 200 M 196 192 M MET456 201 G 197 193 G GLY457 202 S 198 194 S SER458 203 P 199 195 P PRO459 204 H 200 196 S SER460 205 N 201 197 V VAL461 206 P 202 198 R ARG462 207 I 203 199 C CYS463 208 S 204 200 S SER464 209 S 205 201 X SEP465 210 V 206 202 M MET466 211 S 207 203 X SEP467