Sequence Harmony for 'Smad_15823_MH2_ali_Muscle.fa'

Generated on Tue 27 Mar 2007 15:20 by SeqHarm version 1.1
from the Sequence Harmony Webserver at http://www.ibi.vu.nl/programs/seqharmwww/
Please cite:
        Walter Pirovano*, K. Anton Feenstra* and Jaap Heringa
        "Sequence Comparison by Sequence Harmony Identifies Subtype Specific Functional Sites"
        Nucl. Acids Res., 2006, Vol. 34, No. 22 6540-6548
        * joint first authors.
Found reference sequence '2_1KHX', offset=1.
Group A: 17 sequences, length 211
Sequences: 1_gi|7160686|emb|CAB76819.1|/1-465, 1_gi|61967924|gb|AAX56944.1|/1-465, 1_gi|11464653|gb|AAG35265.1|AF215933_1/1-455, 1_gi|6273783|gb|AAF06361.1|/1-472, 1_gi|11907945|gb|AAG41407.1|/1-465, 1_gi|29725652|gb|AAO88909.1|/1-465, 1_gi|1654323|gb|AAC50790.1|/1-465, 1_gi|3192871|gb|AAC19116.1|/1-468, 1_gi|55926152|ref|NP_001007481.1|/1-464, 5_gi|61967926|gb|AAX56945.1|/1-465, 5_gi|2360958|gb|AAB92396.1|/1-465, 5_gi|5706366|dbj|BAA83093.1|/1-465, 5_gi|3982649|gb|AAC83580.1|/1-465, 5_gi|6288777|gb|AAF06738.1|/1-464, 8_gi|61967928|gb|AAX56946.1|/1-476, 8_gi|2689629|gb|AAC53515.1|/1-434, 8_gi|22532988|gb|AAF77079.2|AF175408_1/1-428
Group B: 16 sequences, length 211
Sequences: 2_gi|2967646|gb|AAC39657.1|/1-467, 2_gi|45331050|gb|AAS57861.1|/1-468, 2_gi|5360217|dbj|BAA81909.1|/1-467, 2_gi|6288775|gb|AAF06737.1|/1-468, 2_gi|58047721|gb|AAH89184.1|/1-467, 2_gi|4009524|gb|AAD11458.1|/1-486, 2_gi|40254710|ref|NP_571441.2|/1-468, 2_1KHX, 3_gi|13992583|emb|CAC38118.1|/1-425, 3_gi|11875329|dbj|BAB19634.1|/1-425, 3_gi|45331052|gb|AAS57862.1|/1-422, 3_gi|18418623|gb|AAL68976.1|/1-425, 3_gi|2564493|gb|AAB81755.1|/1-425, 3_gi|6981174|ref|NP_037227.1|/1-425, 3_gi|45383213|ref|NP_989806.1|/1-426, 3_gi|47523074|ref|NP_999302.1|/1-425
Cutoff: 0.2.

Archive of all output files

Raw Table for Smad_15823_MH2_ali_Muscle.fa

Results

SH:    0.00     0.04     0.08     0.12     0.16     0.20     0.36     0.52     0.68     0.84     1.00  
Position Entropy SH Rnk Consensus
Ali Ref A B AB rel. A B
  1     D1     0.64     0.00     0.39     0.06     0.94     0     Dnt     D  
  2     L2     0.98     0.34     1.67     1.00     0.00     1     Vfm     La  
  3     Q3     1.16     0.34     0.95     0.19     0.81     0     Qrh     Qa  
  4     P4     0.98     0.00     0.75     0.24     0.76     0     PA     P  
  5     V5     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     V     V  
  6     T6     1.28     0.34     1.82     1.00     0.00     2     Acen     Tm  
  7     Y7     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     Y     Y  
  8     S8     0.67     1.27     1.96     1.00     0.00     2     Eq     CSh  
  9     E9     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     E     E  
  10     P10     0.00     0.34     0.20     0.03     0.97     0     P     Ps  
  11     A11     1.14     0.00     1.59     1.00     0.00     2     Kqls     A  
  12     F12     0.32     0.00     1.17     1.00     0.00     2     Hy     F  
  13     W13     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     W     W  
  14     C14     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     C     C  
  15     S15     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     S     S  
  16     I16     0.67     0.00     0.44     0.09     0.91     0     Iv     I  
  17     A17     0.67     0.99     1.56     0.73     0.27     0     Va     SA  
  18     Y18     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     Y     Y  
  19     Y19     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     Y     Y  
  20     E20     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     E     E  
  21     L21     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     L     L  
  22     N22     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     N     N  
  23     Q23     0.00     0.34     1.16     1.00     0.00     1     N     Qt  
  24     R24     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     R     R  
  25     V25     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     V     V  
  26     G26     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     G     G  
  27     E27     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     E     E  
  28     T28     0.67     0.00     0.98     0.64     0.36     0     At     T  
  29     F29     0.32     0.00     0.20     0.03     0.97     0     Fy     F  
  30     H30     1.28     0.00     0.82     0.17     0.83     0     Hqln     H  
  31     A31     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     A     A  
  32     S32     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     S     S  
  33     Q33     0.32     0.00     1.00     0.84     0.16     4     Sq     Q  
  34     P34     0.98     0.00     1.50     1.00     0.00     4     Trl     P  
  35     S35     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     S     S  
  36     L36     0.79     1.27     1.91     0.89     0.11     4     Vi     LMi  
  37     T37     0.32     0.00     1.17     1.00     0.00     4     Li     T  
  38     V38     0.79     0.00     0.53     0.13     0.87     0     Vi     V  
  39     D39     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     D     D  
  40     G40     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     G     G  
  41     F41     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     F     F  
  42     T42     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     T     T  
  43     D43     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     D     D  
  44     P44     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     P     P  
  45     S45     0.32     0.00     0.20     0.03     0.97     0     Sa     S  
  46     N46     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     N     N  
  47     S47     0.00     0.34     1.16     1.00     0.00     3     N     Sa  
  48     -     1.09     0.00     1.56     1.00     0.00     3     Krs     -  
  49     E48     0.98     0.00     1.50     1.00     0.00     3     Nsd     E  
  50     R49     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     R     R  
  51     F50     0.00     0.34     0.20     0.03     0.97     0     F     Fl  
  52     C51     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     C     C  
  53     L52     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     L     L  
  54     G53     0.00     0.34     0.20     0.03     0.97     0     G     Gc  
  55     L54     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     L     L  
  56     L55     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     L     L  
  57     S56     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     S     S  
  58     N57     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     N     N  
  59     V58     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     V     V  
  60     N59     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     N     N  
  61     R60     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     R     R  
  62     N61     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     N     N  
  63     A62     0.00     0.34     1.16     1.00     0.00     3     S     Ae  
  64     T63     0.00     1.27     0.98     0.36     0.64     0     T     ATv  
  65     V64     0.00     0.00     1.00     1.00     0.00     3     I     V  
  66     E65     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     E     E  
  67     M66     0.00     1.27     1.62     1.00     0.00     3     N     LMq  
  68     T67     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     T     T  
  69     R68     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     R     R  
  70     R69     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     R     R  
  71     H70     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     H     H  
  72     I71     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     I     I  
  73     G72     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     G     G  
  74     R73     0.00     0.34     0.99     0.83     0.17     1     K     Rk  
  75     G74     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     G     G  
  76     V75     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     V     V  
  77     R76     0.00     0.00     1.00     1.00     0.00     1     H     R  
  78     L77     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     L     L  
  79     Y78     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     Y     Y  
  80     Y79     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     Y     Y  
  81     I80     0.00     0.00     1.00     1.00     0.00     1     V     I  
  82     G81     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     G     G  
  83     G82     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     G     G  
  84     E83     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     E     E  
  85     V84     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     V     V  
  86     F85     0.00     0.00     1.00     1.00     0.00     1     Y     F  
  87     A86     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     A     A  
  88     E87     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     E     E  
  89     C88     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     C     C  
  90     L89     0.67     0.00     0.44     0.09     0.91     0     Lv     L  
  91     S90     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     S     S  
  92     D91     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     D     D  
  93     S92     0.32     0.34     0.39     0.06     0.94     0     St     Sn  
  94     A93     0.00     0.34     0.99     0.83     0.17     1     S     As  
  95     I94     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     I     I  
  96     F95     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     F     F  
  97     V96     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     V     V  
  98     Q97     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     Q     Q  
  99     S98     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     S     S  
  100     P99     0.00     0.00     1.00     1.00     0.00     1     R     P  
  101     N100     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     N     N  
  102     C101     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     C     C  
  103     N102     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     N     N  
  104     Q103     0.79     0.00     1.40     1.00     0.00     4     Yf     Q  
  105     R104     0.67     0.00     1.35     1.00     0.00     4     Hq     R  
  106     Y105     0.00     0.00     1.00     1.00     0.00     4     H     Y  
  107     G106     0.32     0.34     0.39     0.06     0.94     0     Gn     Gd  
  108     W107     0.00     0.00     1.00     1.00     0.00     4     F     W  
  109     H108     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     H     H  
  110     P109     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     P     P  
  111     A110     0.67     0.00     0.98     0.64     0.36     0     Ta     A  
  112     T111     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     T     T  
  113     V112     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     V     V  
  114     C113     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     C     C  
  115     K114     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     K     K  
  116     I115     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     I     I  
  117     P116     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     P     P  
  118     P117     0.32     0.00     1.00     0.84     0.16     1     Sp     P  
  119     G118     0.98     0.00     0.63     0.13     0.87     0     Gsr     G  
  120     C119     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     C     C  
  121     N120     0.00     0.00     1.00     1.00     0.00     1     S     N  
  122     L121     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     L     L  
  123     K122     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     K     K  
  124     I123     0.52     0.00     0.33     0.06     0.94     0     Iv     I  
  125     F124     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     F     F  
  126     N125     0.32     0.00     0.20     0.03     0.97     0     Ns     N  
  127     N126     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     N     N  
  128     Q127     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     Q     Q  
  129     E128     0.67     0.00     0.44     0.09     0.91     0     El     E  
  130     F129     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     F     F  
  131     -     0.32     0.00     0.20     0.03     0.97     0     -a     -  
  132     -     0.32     0.00     0.20     0.03     0.97     0     -q     -  
  133     -     0.32     0.00     0.20     0.03     0.97     0     -l     -  
  134     -     0.32     0.00     0.20     0.03     0.97     0     -l     -  
  135     A130     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     A     A  
  136     A131     0.64     0.00     1.33     1.00     0.00     1     Qeh     A  
  137     L132     0.32     0.00     0.20     0.03     0.97     0     Lp     L  
  138     L133     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     L     L  
  139     A134     0.32     0.34     0.33     0.00     1.00     0     As     As  
  140     Q135     0.32     0.00     0.20     0.03     0.97     0     Qr     Q  
  141     S136     0.32     0.00     0.20     0.03     0.97     0     St     S  
  142     V137     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     V     V  
  143     N138     0.67     0.34     0.63     0.12     0.88     0     Nh     Ns  
  144     Q139     0.00     0.00     1.00     1.00     0.00     1     H     Q  
  145     G140     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     G     G  
  146     F141     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     F     F  
  147     E142     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     E     E  
  148     A143     1.50     0.00     1.15     0.39     0.61     0     ATv     A  
  149     V144     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     V     V  
  150     Y145     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     Y     Y  
  151     Q146     0.00     0.34     1.16     1.00     0.00     1     E     Qr  
  152     L147     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     L     L  
  153     T148     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     T     T  
  154     R149     0.00     0.00     1.00     1.00     0.00     1     K     R  
  155     M150     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     M     M  
  156     C151     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     C     C  
  157     T152     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     T     T  
  158     I153     0.52     0.00     0.33     0.06     0.94     0     Il     I  
  159     R154     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     R     R  
  160     M155     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     M     M  
  161     S156     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     S     S  
  162     F157     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     F     F  
  163     V158     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     V     V  
  164     K159     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     K     K  
  165     G160     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     G     G  
  166     W161     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     W     W  
  167     G162     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     G     G  
  168     A163     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     A     A  
  169     E164     0.32     0.00     0.20     0.03     0.97     0     Ek     E  
  170     Y165     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     Y     Y  
  171     R166     0.00     0.00     1.00     1.00     0.00     1     H     R  
  172     R167     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     R     R  
  173     Q168     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     Q     Q  
  174     T169     0.00     0.00     1.00     1.00     0.00     1     D     T  
  175     V170     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     V     V  
  176     T171     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     T     T  
  177     S172     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     S     S  
  178     T173     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     T     T  
  179     P174     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     P     P  
  180     C175     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     C     C  
  181     W176     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     W     W  
  182     I177     0.32     0.00     0.20     0.03     0.97     0     Iv     I  
  183     E178     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     E     E  
  184     L179     0.32     0.00     1.17     1.00     0.00     1     Iv     L  
  185     H180     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     H     H  
  186     L181     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     L     L  
  187     N182     0.32     0.00     1.00     0.84     0.16     1     Hn     N  
  188     G183     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     G     G  
  189     P184     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     P     P  
  190     L185     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     L     L  
  191     Q186     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     Q     Q  
  192     W187     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     W     W  
  193     L188     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     L     L  
  194     D189     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     D     D  
  195     K190     0.32     0.34     0.33     0.00     1.00     0     Kr     Kr  
  196     V191     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     V     V  
  197     L192     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     L     L  
  198     T193     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     T     T  
  199     Q194     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     Q     Q  
  200     M195     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     M     M  
  201     G196     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     G     G  
  202     S197     0.32     0.00     0.20     0.03     0.97     0     St     S  
  203     P198     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     P     P  
  204     S199     1.17     0.67     1.86     0.94     0.06     4     Hlr     Snr  
  205     V200     0.00     1.42     1.69     1.00     0.00     4     N     IVl  
  206     R201     0.00     0.34     0.99     0.83     0.17     4     P     Rp  
  207     C202     0.00     0.00     1.00     1.00     0.00     4     I     C  
  208     S203     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     S     S  
  209     S204     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     S     S  
  210     M205     0.00     1.00     0.80     0.31     0.69     0     V     MV  
  211     S206     0.00     0.00     0.00     0.00     1.00     0     S     S