Sequence Harmony for 'Smad_15823_MH2_ali_Muscle.fa'

Generated on Tue 27 Mar 2007 15:20 by SeqHarm version 1.1
from the Sequence Harmony Webserver at http://www.ibi.vu.nl/programs/seqharmwww/
Please cite:
        Walter Pirovano*, K. Anton Feenstra* and Jaap Heringa
        "Sequence Comparison by Sequence Harmony Identifies Subtype Specific Functional Sites"
        Nucl. Acids Res., 2006, Vol. 34, No. 22 6540-6548
        * joint first authors.
Found reference sequence '2_1KHX', offset=1.
Group A: 17 sequences, length 211
Sequences: 1_gi|7160686|emb|CAB76819.1|/1-465, 1_gi|61967924|gb|AAX56944.1|/1-465, 1_gi|11464653|gb|AAG35265.1|AF215933_1/1-455, 1_gi|6273783|gb|AAF06361.1|/1-472, 1_gi|11907945|gb|AAG41407.1|/1-465, 1_gi|29725652|gb|AAO88909.1|/1-465, 1_gi|1654323|gb|AAC50790.1|/1-465, 1_gi|3192871|gb|AAC19116.1|/1-468, 1_gi|55926152|ref|NP_001007481.1|/1-464, 5_gi|61967926|gb|AAX56945.1|/1-465, 5_gi|2360958|gb|AAB92396.1|/1-465, 5_gi|5706366|dbj|BAA83093.1|/1-465, 5_gi|3982649|gb|AAC83580.1|/1-465, 5_gi|6288777|gb|AAF06738.1|/1-464, 8_gi|61967928|gb|AAX56946.1|/1-476, 8_gi|2689629|gb|AAC53515.1|/1-434, 8_gi|22532988|gb|AAF77079.2|AF175408_1/1-428
Group B: 16 sequences, length 211
Sequences: 2_gi|2967646|gb|AAC39657.1|/1-467, 2_gi|45331050|gb|AAS57861.1|/1-468, 2_gi|5360217|dbj|BAA81909.1|/1-467, 2_gi|6288775|gb|AAF06737.1|/1-468, 2_gi|58047721|gb|AAH89184.1|/1-467, 2_gi|4009524|gb|AAD11458.1|/1-486, 2_gi|40254710|ref|NP_571441.2|/1-468, 2_1KHX, 3_gi|13992583|emb|CAC38118.1|/1-425, 3_gi|11875329|dbj|BAB19634.1|/1-425, 3_gi|45331052|gb|AAS57862.1|/1-422, 3_gi|18418623|gb|AAL68976.1|/1-425, 3_gi|2564493|gb|AAB81755.1|/1-425, 3_gi|6981174|ref|NP_037227.1|/1-425, 3_gi|45383213|ref|NP_989806.1|/1-426, 3_gi|47523074|ref|NP_999302.1|/1-425
Cutoff: 0.2.

Archive of all output files

Results for Smad_15823_MH2_ali_Muscle.fa

Aligned chains from 1KHX.pdb or together with whole alignment

Selected 40 positions below cutoff (0.2)

Image generated by pymol from SH_1KHX.pdb pdb file with '1-SH' as B-factors and using display.pml pymol script:
DeLano, W.L. The PyMOL Molecular Graphics System (2002) DeLano Scientific, Palo Alto, CA, USA.www.pymol.org

Raw Table

Selected 40 positions below cutoff (0.2)
SH:    0.00     0.04     0.08     0.12     0.16     0.20     0.36     0.52     0.68     0.84     1.00  
Position Entropy SH Rnk Consensus
Ali Ref A B AB rel. A B
  106     Y105     0.00     0.00     1.00     1.00     0.00     4     H     Y  
  108     W107     0.00     0.00     1.00     1.00     0.00     4     F     W  
  207     C202     0.00     0.00     1.00     1.00     0.00     4     I     C  
  37     T37     0.32     0.00     1.17     1.00     0.00     4     Li     T  
  105     R104     0.67     0.00     1.35     1.00     0.00     4     Hq     R  
  104     Q103     0.79     0.00     1.40     1.00     0.00     4     Yf     Q  
  34     P34     0.98     0.00     1.50     1.00     0.00     4     Trl     P  
  205     V200     0.00     1.42     1.69     1.00     0.00     4     N     IVl  
  65     V64     0.00     0.00     1.00     1.00     0.00     3     I     V  
  63     A62     0.00     0.34     1.16     1.00     0.00     3     S     Ae  
  47     S47     0.00     0.34     1.16     1.00     0.00     3     N     Sa  
  49     E48     0.98     0.00     1.50     1.00     0.00     3     Nsd     E  
  48     -     1.09     0.00     1.56     1.00     0.00     3     Krs     -  
  67     M66     0.00     1.27     1.62     1.00     0.00     3     N     LMq  
  12     F12     0.32     0.00     1.17     1.00     0.00     2     Hy     F  
  11     A11     1.14     0.00     1.59     1.00     0.00     2     Kqls     A  
  6     T6     1.28     0.34     1.82     1.00     0.00     2     Acen     Tm  
  8     S8     0.67     1.27     1.96     1.00     0.00     2     Eq     CSh  
  86     F85     0.00     0.00     1.00     1.00     0.00     1     Y     F  
  100     P99     0.00     0.00     1.00     1.00     0.00     1     R     P  
  121     N120     0.00     0.00     1.00     1.00     0.00     1     S     N  
  144     Q139     0.00     0.00     1.00     1.00     0.00     1     H     Q  
  154     R149     0.00     0.00     1.00     1.00     0.00     1     K     R  
  171     R166     0.00     0.00     1.00     1.00     0.00     1     H     R  
  174     T169     0.00     0.00     1.00     1.00     0.00     1     D     T  
  77     R76     0.00     0.00     1.00     1.00     0.00     1     H     R  
  81     I80     0.00     0.00     1.00     1.00     0.00     1     V     I  
  151     Q146     0.00     0.34     1.16     1.00     0.00     1     E     Qr  
  23     Q23     0.00     0.34     1.16     1.00     0.00     1     N     Qt  
  184     L179     0.32     0.00     1.17     1.00     0.00     1     Iv     L  
  136     A131     0.64     0.00     1.33     1.00     0.00     1     Qeh     A  
  2     L2     0.98     0.34     1.67     1.00     0.00     1     Vfm     La  
  204     S199     1.17     0.67     1.86     0.94     0.06     4     Hlr     Snr  
  36     L36     0.79     1.27     1.91     0.89     0.11     4     Vi     LMi  
  33     Q33     0.32     0.00     1.00     0.84     0.16     4     Sq     Q  
  187     N182     0.32     0.00     1.00     0.84     0.16     1     Hn     N  
  118     P117     0.32     0.00     1.00     0.84     0.16     1     Sp     P  
  206     R201     0.00     0.34     0.99     0.83     0.17     4     P     Rp  
  94     A93     0.00     0.34     0.99     0.83     0.17     1     S     As  
  74     R73     0.00     0.34     0.99     0.83     0.17     1     K     Rk